Scusa ma non ho capito bene, Host windows che ospita una vm Centos.
Windows condivide una cartella su cui vuoi mettere direttamente i database di mysql.
Ho capito bene?
Premesso che avere i file dei database su un'altra macchina aggiunge solo problemi e nessun beneficio, in questo caso però la macchina fisica è sempre la stessa quindi è concepibile.
Dato che non hai indicato nessun errore è un po' difficile capire dove sta il problema, di base:
1) Hai montato la cartella condivisa in Centos?
2) Hai controllato i permessi sulla cartella (sia host che guest)?
3) Selinux e firewall?
Si tenga presente che la stessa problematica è stata poi risolta con Apache su CentOs e cartella Host su Win condivisa
Cosa vuol dire questo?
Se installi mysql sulla macchina windows e ci lasci il database ovviamente problemi non ne avrai e, soprattutto, non è la stessa cosa che hai scritto sopra.