A questo punto ho collegato l'array sata... le domande sono:
Come rendo permenentemente montato l'array?
Dove lo monto?

Puoi montarlo dove ti pare! Io ho un HD esterno da 500GB per le macchine virtuali che monto sotto /vmware/virtual_machines
Per montarlo in automatico devi editare il file /etc/fstab e aggiungere una nuova riga simile a quelle che vedi già scritte, ad esempio:
/dev/md0   /vmware/virtual_machines/    ext3   auto  0 0
Per maggiori info a riguardo man fstab

Ed infine quale file devo editare per spostare il repository delle macchine virtuali?

Dentro la dir /etc/yum.repos.d ci sono i file dei repository di una RHEL-based.