Ciao paolom65 benvenuto nella nostra community,
Centos 5 ( e le altre versioni ) supportano ottimamente qualsasi tipo di server , web,ftp,samba,....etc
Ambiente server e' tra altro dove CentOS e' piu usato.
Per installarlo sul hard disk usb non c'e' nessun problema ( tranne il fatto che la velocita del disco e' limitata dalla porta usb2 ) con gparted creati dello spazio vuoto , non c'e bisogno di partizionarlo ci pensa installer di CentOS. Un mio consiglio pero , invece di usare il disco usb , crerei dello spazio su uno dei 2 dischi che hai interni e lo installerei l'hi , e il disco usb lo usi come storage.
Visto che hai un processore 64 bit ,opterei anche per la versione x86_64.
Nel installazione visto che lo vuoi usare come server , farei installazione minima e poi aggiungerei le applicazioni che ti servono con yum.
se hai bisogno chiedi pure sei il benvenuto
ciao