Senza sapere qual'è il problema come facciamo a dirti se la soluzione è corretta?

Mettili come primario e secondario, una volta (prima di active directory) si chiamavano PDC (Primary Domain Controller) e BDC (Backup Domain Controller)

questa è la parte  global del file smb.conf
[global]
workgroup = azienda
netbios name = SERVER
#interfaces = lo eth0 192.168.2.0/24 
#hosts allow = 127.0.0.1  192.168.2.1/24 192.168.250.0/24 192.168.12.0/24 192.168.254.0/24
security = user
domain master = yes
domain logons = yes
local master = yes
preferred master = yes
passdb backend = tdbsam
logon path = \\%L\Profiles\%U
logon script = logon.bat
add machine script = /usr/sbin/useradd -d /dev/null -g 200 -s /sbin/nologin -M %u

ciao, i computer client sono datati quindi non sono stati agganciati ai domini, per questo la mia domanda era se fosse meglio non avere il server Linux come controller di dominio.

hai perfettamente ragione.
Purtroppo windows server 2016 di default fa configurare il dominio se non fai questa operazione il server è tutto un errore.
dalla documentazxione trovata dovresti eseguire l'installazione del dominio e poi disinstallare il tutto, la follia windows.
quindi mi ha spiazzato non avendo il tempo per ragionarci molto ho configurato in questo modo trovandomi con 2 domini nella stessa rete.
Ecco perchè volevo togliere il controller da samba e lavorare come gruppo di lavoro sulla parte linux.
Grazie

volendo si può fare tutto, se si ha il tempo. La domanda iniziale era più semplice, disabilitare samba come domain controller, e farlo funzionare come fileserver con utente autenticato. Si parla di 4 client non di numeri di utenti importanti, che allora la gestione dell'utente diventa importante.
Grazie