Allora bisogna fare un po' di pulizia!

1) Vai nella cartella dove hai compilato dai sorgenti e prova con make uninstall, se va tutto bene è meglio ma non è garantito.
2) Reinstalla rsyslog con yum dai repo ufficiali
3) per la configurazione segui pure la guida, i file di configurazione sono gli stessi, ma probabilmente dovrai aggiungere il flag -r di cui sopra.
4) verifica che il log sia salvato in mysql inviandone uno con il comando che ti ho indicato
5) verifica l'apertura delle porte e la ricezione dei log dai client.