forse perche devo lavorare in questa directory    ( Apache conf.d directory.)

ma non riesco a trovarla qual'è il path?

ma secondo te quale distribuzione andrebbe meglio per utilizzare Nagios?

Stai sbagliando candeggio (Cit.)

Centos va benissimo, usa gli rpm e yum
Non ho idea di cosa sia necessario fare, non ho tempo/motivo /intenzione di studiare qualcosa che, ai fini pratici e  nel contesto, è inutile :-)

allora...

inserendo le chiavi di ricerca che ti ho dato in google, il primo risultato è questo:

http://pkgs.org/centos-6/repoforge-i386/nagios-3.2.3-3.el6.rf.i686.rpm.html

il che mi fa capire che la versione da te cercata è già stata pacchettizzata per Centos 6, nel repository repoforge

a questo punto è necessario configurare il repository:

google ->  "repoforge centos6 config" -> primo risultato -> http://wiki.centos.org/AdditionalResources/Repositories/RPMForge

seguo quella guida, configuro il repo e dopo, da linea di comando:

yum install nagios

ti ho messo giù i punti ed i passi senza approfondire.. quello lo lascio fare a te.

ricordati che:
- google ne sa sempre molto di più di tutti
- a meno di problemi insormontabili o necessità MOLTO specifiche, su Centos NON si compila, M A I
- se vieni su un forum a chiedere aiuto, parti dal problema e non dalla sua soluzione.. nel tuo caso il problema non è "come si compila nagios su centos6" ma "come si installa nagios su centos6" ;-)

HTH